O EndNote Desktop é a versão local deste programa, que permite:
- Importar referências de múltiplas bases de dados (Scopus, Web of Science, Google Scholar, etc.)
- Anexar documentos em texto integral, cujos PDFs podem ser anotados
- Organizar referências em grupos
- Inserir citações e referências em documentos do MS Word e PowerPoint (Cite While You Write – CWYW)
- Partilhar referências, PDFs e respetivas anotações até 100 utilizadores
- Sincronizar com o EndNote Online